todos los programas te aparecen como lnk? lo dudo los lnk son para acceso directo aun asi deberian de funcionar.

pues parece que el problema esta en que se perdió la asignación de los iconos o accesos directos de tus programas, lo que podrías intentar hacer es verificar si desde la barra de inicio se ejecutan los programas, si esto sucede pues elimina los accesos que no te sirvan y arrastra de la barra de programas al escritorio los accesos que funcionen, prueba también a reparar el registro de windows 7 con el ccleaner, y otra solución muchísimo mas radical seria reinstalar los programas que no funcionen