Win to flash. Con esa app puedes pasar la instalacion a tu pendrive.

http://wintoflash.com/download/es/

El programa te guia paso a paso durante la instalación.

Hola, si lo que quieres es instalar windows desde usb, como lo dijo Bloodyapple es una buena opción, si lo que necesitas es un windows que funcione desde tu usb, debes buscar un windows live y posteriormente pasarlo a usb, si deseas saber como hacerlo en youtube hay varios tutoriales solo busca windows live usb

Aquí un tutorial muy bueno, aunque viejito.

SALUDOS