Creo que tu pregunta va más orientada hacia que versión del framework te conviene utilizar... cierto?
Si es así, la recomendación sería que empezaras con la 3.5 (Viene con el VS 2008) ya que tiene muchísimas más cosas que el 1.1 (VS 2003) como Linq, WCF, WWF, etc, etc, etc.
saludos