Por lo que entiendo las bocinas suenan cuando se les pega la gana, pues si tu conectas los audifonos y se escuchan, asi que la unica que veo es que puede haber un falso contacto en la conexion de las mocinas

Mira, a mi un tiempo me estuvo sucediendo exactamente lo mismo y lo solucione cambiando el cable de datos del disco duro

El problema es que desconoces con certeza la razon por la que se quemo tu motherboard, asi que suena tonto el querer usar la misma fuente, yo en lo personal la cambiaria tmb