Si entendi bien lo que quieres hacer es esto:
for ($i=1; $i<=count($ciudades); $i++){
$asociativo[$ciudades[$i]] = $codigoPostal[$i];
}
Y te crea el array asociativo donde las claves son los nombres de las ciudades y el valor los codigos
El problema es que esta llamando a una funcion llamada get_option(), y no la consigue, revisa en el codigo a ver si existe o si hay algun include o require de algun php que debe contener a esa funcion
Yo he trabajado con struts, jboss seam y ahora estoy en un desarrollo con struts2. Me ha parecido mejor seam, porque casi no hay archivos de configuracion y esta integrado con hibernate. http://seamframework.org/
Puedes utilizar Swing (http://es.scribd.com/doc/7545519/Manual-JAVA-Swing) y AWT que son las nativas de java. Ahora si quieres usar un sistema mas nativo del sistema operativo (y mas presentable) puedes buscar sobre SWT-jFace que es la libreria en la que esta hecho Eclipse...
Puedes evaluar el codigo javascript aqui http://www.jslint.com/. Tambien ir comentando lineas de codigo para ver exactamente donde esta el error. Postea el codigo a ver si te puedo ayudar.
Te corrijo el codigo, como que no lo miraste bien el ejemplo:
public class Matriz5x5 {
public static void main(String[] args) {
int i,j;
for(i=1;i<6;i++) {
for(j=1;j<6;j++){...